Bursa Vakıflar Bölge Müdürlüğü'nce 2007 yılında restore edilmesine karar verilen Ayasofya Müzesi, iddiaya göre, tarihi dokusu korunarak, restore edilmek yerine modern yapıya dönüştürüldü. Müze olarak kullanılan yapının tekrar camiye dönüştürülmesi için yapılan restorasyon çalışmaları ise tartışmalara yol açtı. Bir dönem müze olarak kullanılan ve yabancı turistlerin ilgisini çeken tarihi yapı, 6 Kasım 2011'de, bayram namazının kılınmasıyla ibadete açıldı. Bir bölümü cami bir bölümü de müze olarak açılan Ayasofya'nın girişine cam kapı yaptırılması, pencerelerine de buzlu cam taktırılması tepkilere yol açtı. Tepkiler, bu kez müzenin iç ve dış cephe sıvalarının dökülmesi üzerine yeniden yoğunlaştı.
İznik Müzesi eski Müdürü Taylan Sevil, "Gerek dünya gerekse İznik için son derece önemli olan bu taşınmaz kültür varlığının gelecek nesillere aktarılması için bir an önce önlemler alınmalı. Duvarların üzerine bindirilen ilave yüklerle bu kültür mirasının yazık ki gelecek nesillere aktarılmasından ben şüpheliyim. Bir an önce önlem alınması gerekir" diye konuştu. İznik'te yaşan Esin Ören ise "Ayasofya, İznik ve Hristiyan dünyası için çok önemli bir merkez. Tarihi bir yerin kapısı cam, pencereleri buzlu cam yakışmadı. Yapılan bu restorasyonla yeni yapılmış bina gibi oldu. Dökülen sıvalar bariz bir şekilde belli. Tarihi yapının bu hali içler acısı" dedi.
İznik Müzesi eski Müdürü Taylan Sevil, "Gerek dünya gerekse İznik için son derece önemli olan bu taşınmaz kültür varlığının gelecek nesillere aktarılması için bir an önce önlemler alınmalı. Duvarların üzerine bindirilen ilave yüklerle bu kültür mirasının yazık ki gelecek nesillere aktarılmasından ben şüpheliyim. Bir an önce önlem alınması gerekir" diye konuştu. İznik'te yaşan Esin Ören ise "Ayasofya, İznik ve Hristiyan dünyası için çok önemli bir merkez. Tarihi bir yerin kapısı cam, pencereleri buzlu cam yakışmadı. Yapılan bu restorasyonla yeni yapılmış bina gibi oldu. Dökülen sıvalar bariz bir şekilde belli. Tarihi yapının bu hali içler acısı" dedi.
